羅氏診斷KAPA EvoPlus Kit助力實(shí)現(xiàn)樣本打斷自動(dòng)化

通常，NGS建庫(kù)使用的打斷方法不外乎下面兩種，各有優(yōu)勢(shì)又各有缺點(diǎn)。

• 一種是基于超聲波的物理打斷方法或稱(chēng)為機(jī)械打斷。這種方法需要專(zhuān)門(mén)的設(shè)備和耗材，以Covaris的設(shè)備為代表。物理打斷有其 優(yōu)勢(shì)，比如說(shuō)樣本斷點(diǎn)的隨機(jī)性高，不會(huì)有位點(diǎn)的偏好，也不會(huì)受樣本純度的影響。然而物理打斷的設(shè)備和耗材成本很高，并且難以在工作站中整合超聲設(shè)備實(shí)現(xiàn)自動(dòng)化。通常情況下物理打斷法處理一個(gè)樣本需要平均3-5分鐘的時(shí)間，因此一旦樣本數(shù)量變多，它就變成一個(gè)操作單一同時(shí)又極度耗時(shí)的方法。

• 另一種是基于酶切打斷的方法，包括轉(zhuǎn)座子或各種混合水解酶等對(duì)DNA進(jìn)行化學(xué)切斷。酶切的方法不需要特殊的設(shè)備，只需要普通的PCR儀，可以批量的處理樣本并輕松在工作站上實(shí)現(xiàn)自動(dòng)化。同時(shí)酶切較物理打斷的DNA損耗更小，文庫(kù)轉(zhuǎn)化效率更高，對(duì)于一些珍貴的樣本，文庫(kù)構(gòu)建的 更好。但是，目前的酶切試劑盒存在或多或少的數(shù)據(jù)偏好性。除此之外，酶切建庫(kù)試劑盒構(gòu)建的文庫(kù)會(huì)有一定比例的假陽(yáng)性嵌合，特別是做一些基因融合檢測(cè)的應(yīng)用時(shí)會(huì)干擾檢測(cè)結(jié)果的判讀。

  
  

  雖然這些假陽(yáng)性干擾可以通過(guò)數(shù)據(jù)分析進(jìn)行過(guò)濾，但這對(duì)生信人員提出了更高的要求且?guī)?lái)了更多的工作量。同時(shí)，酶切對(duì)于樣本會(huì)有比較高的要求，比如樣本的純度(特別是EDTA的含量）和樣本的降解程度，都會(huì)對(duì)酶切的效果產(chǎn)生諸多的影響。這使得實(shí)驗(yàn)室對(duì)于不同來(lái)源或不同類(lèi)型的樣本需要設(shè)置不同的SOP。對(duì)實(shí)驗(yàn)室技術(shù)人員和管理人員都造成了一定的困擾。

KAPA EvoPlus 主要解決了以下4個(gè)問(wèn)題：